Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC43Q96MW1 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC43Q96MW1 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms