Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4CQ96CF2 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4CQ96CF2 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms