Protein–RNA interactions for Protein: A8TX70

COL6A5, Collagen alpha-5(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,615 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A5A8TX70 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A5A8TX70 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms