Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BRPF3Q9ULD4 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BRPF3Q9ULD4 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
BRPF3Q9ULD4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms