Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms