Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL3A1P02461 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL3A1P02461 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms