Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC87Q9NVE4 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC87Q9NVE4 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms