Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms