Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms