Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS53Q5VIR6 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms