Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
COL18A1P39060 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL18A1P39060 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms