Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC32.68■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
BRCA1P38398 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC32.59■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
BRCA1P38398 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
BRCA1P38398 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
BRCA1P38398 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.39■■■□□ 2.78
BRCA1P38398 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
BRCA1P38398 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms