Protein–RNA interactions for Protein: P16989

YBX3, Y-box-binding protein 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
YBX3P16989 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.21■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 28.6
YBX3P16989 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 28.6
YBX3P16989 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.941e-6■■■■■ 28.6
YBX3P16989 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.771e-6■■■■■ 28.6
YBX3P16989 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.071e-6■■■■■ 28.6
YBX3P16989 LAMB1-203ENST00000393560 2806 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.638e-8■■■■■ 28.6
YBX3P16989 HECTD4-202ENST00000377560 15759 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC10.67□□□□□ -0.76e-7■■■■■ 28.5
YBX3P16989 HECTD4-211ENST00000550722 15450 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.1□□□□□ -1.436e-7■■■■■ 28.5
YBX3P16989 AC108488.2-201ENST00000438485 421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.59□□□□□ -1.834e-9■■■■■ 28.4
YBX3P16989 HDLBP-212ENST00000426343 594 ntTSL 423.81■■□□□ 1.42e-12■■■■■ 28.4
YBX3P16989 CMIP-202ENST00000537098 4357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.156e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 CMIP-203ENST00000539778 3937 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.336e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 PRPF40A-202ENST00000410080 8048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.593e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EMG1-203ENST00000611981 1223 ntTSL 217.44■□□□□ 0.381e-11■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EMG1-206ENST00000607161 1087 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.041e-11■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EMG1-205ENST00000261406 958 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.54□□□□□ -0.081e-11■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EMG1-202ENST00000599672 4898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.51e-11■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EMG1-201ENST00000539196 616 ntTSL 26.38□□□□□ -1.391e-11■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-210ENST00000592945 658 ntTSL 220.04■□□□□ 0.89e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.739e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-209ENST00000592439 905 ntTSL 519.63■□□□□ 0.739e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.499e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-203ENST00000587992 2491 ntTSL 218.03■□□□□ 0.489e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 ICAM3-207ENST00000589900 2057 ntTSL 218.01■□□□□ 0.479e-7■■■■■ 28.4
YBX3P16989 EIF2B1-206ENST00000543940 423 ntTSL 330.14■■■□□ 2.423e-14■■■■■ 28.3
YBX3P16989 EIF2B1-202ENST00000452159 622 ntTSL 227.59■■■□□ 2.013e-14■■■■■ 28.3
YBX3P16989 GPN3-209ENST00000551079 833 ntTSL 37.88□□□□□ -1.154e-7■■■■■ 28.3
YBX3P16989 CENPN-209ENST00000569461 329 ntTSL 314□□□□□ -0.171e-9■■■■■ 28.3
YBX3P16989 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.674e-7■■■■■ 28.3
YBX3P16989 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.789e-8■■■■■ 28.3
YBX3P16989 RAB11B-204ENST00000600719 532 ntTSL 418.22■□□□□ 0.519e-8■■■■■ 28.3
YBX3P16989 RAB11B-205ENST00000601897 577 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.359e-8■■■■■ 28.3
YBX3P16989 LRP10-205ENST00000553002 1065 ntTSL 218.83■□□□□ 0.64e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 LRP10-203ENST00000546834 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.564e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.164e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 LRP10-204ENST00000551466 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)14.19□□□□□ -0.144e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 KEAP1-210ENST00000592478 1044 ntTSL 1 (best)19.8■□□□□ 0.765e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 KEAP1-205ENST00000590237 451 ntTSL 27.57□□□□□ -1.25e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.224e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STN1-204ENST00000472951 783 ntTSL 517.51■□□□□ 0.394e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STIL-202ENST00000360380 5225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.494e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STN1-202ENST00000369764 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.84□□□□□ -0.834e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STN1-203ENST00000466828 1414 ntTSL 59.21□□□□□ -0.944e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STIL-203ENST00000371877 5009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.144e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STIL-201ENST00000337817 5087 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.21□□□□□ -1.264e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 STIL-204ENST00000396221 4558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.494e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 ARFGEF2-201ENST00000371917 8852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.29□□□□□ -1.565e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 MAN2B1-212ENST00000593686 537 ntTSL 420.14■□□□□ 0.816e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 MAN2B1-202ENST00000433513 560 ntTSL 415.2■□□□□ 0.026e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 RBBP4P5-201ENST00000398583 1266 ntBASIC8.83□□□□□ -12e-8■■■■■ 28.2
YBX3P16989 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.274e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 TIMM10-202ENST00000525158 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.415e-16■■■■■ 28.2
YBX3P16989 TIMM10-201ENST00000257245 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.265e-16■■■■■ 28.2
YBX3P16989 TIMM10-203ENST00000525587 486 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.085e-16■■■■■ 28.2
YBX3P16989 LONP2-206ENST00000565867 1969 ntTSL 311.79□□□□□ -0.524e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 NQO1-205ENST00000561500 891 ntTSL 3 BASIC10.23□□□□□ -0.774e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 NQO1-204ENST00000439109 924 ntTSL 2 BASIC9.77□□□□□ -0.854e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 NQO1-202ENST00000379046 1105 ntTSL 1 (best) BASIC8.97□□□□□ -0.974e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 NQO1-203ENST00000379047 2527 ntTSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.984e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 KDM5A-201ENST00000399788 10763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.41□□□□□ -1.064e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 NQO1-201ENST00000320623 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.41□□□□□ -1.064e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 LONP2-204ENST00000564259 819 ntTSL 35.68□□□□□ -1.54e-9■■■■■ 28.2
YBX3P16989 MRPS27-213ENST00000522404 550 ntTSL 418.83■□□□□ 0.66e-9■■■■■ 28.1
YBX3P16989 MRPS27-207ENST00000515404 1183 ntTSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.786e-9■■■■■ 28.1
YBX3P16989 MRPS27-208ENST00000519143 298 ntTSL 53.65□□□□□ -1.836e-9■■■■■ 28.1
YBX3P16989 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.22e-8■■■■■ 28.1
YBX3P16989 KIAA0100-216ENST00000583860 432 ntTSL 211.51□□□□□ -0.578e-28■■■■■ 28
YBX3P16989 KIAA0100-208ENST00000579924 477 ntTSL 35.47□□□□□ -1.538e-28■■■■■ 28
YBX3P16989 CDC5L-201ENST00000371477 6423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 28
YBX3P16989 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.455e-12■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-203ENST00000367212 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.09□□□□□ -1.112e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-204ENST00000367214 3451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.75□□□□□ -1.332e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-202ENST00000367210 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.75□□□□□ -1.332e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-201ENST00000332127 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.67□□□□□ -1.342e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-213ENST00000638800 7078 ntTSL 55.84□□□□□ -1.482e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZBED6-201ENST00000545588 7979 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.572e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZBED6-202ENST00000550078 12481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.582e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-212ENST00000495527 8404 ntTSL 1 (best)5.02□□□□□ -1.612e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-214ENST00000639812 11825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.28□□□□□ -1.722e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 ZC3H11A-215ENST00000640465 4365 ntTSL 1 (best)4.17□□□□□ -1.742e-10■■■■■ 28
YBX3P16989 AC007318.1-201ENST00000467568 881 ntBASIC12.53□□□□□ -0.45e-11■■■■■ 27.9
YBX3P16989 ADA-204ENST00000535573 550 ntTSL 520.44■□□□□ 0.861e-8■■■■■ 27.9
YBX3P16989 RIDA-206ENST00000522791 884 ntTSL 217.92■□□□□ 0.465e-6■■■■■ 27.9
YBX3P16989 RIDA-201ENST00000254878 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.295e-6■■■■■ 27.9
YBX3P16989 RIDA-205ENST00000521560 761 ntTSL 214.64□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 27.9
YBX3P16989 RIDA-204ENST00000520507 848 ntTSL 38.29□□□□□ -1.085e-6■■■■■ 27.9
YBX3P16989 KCNK5-201ENST00000359534 3756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.324e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 SLC25A11-203ENST00000570543 322 ntTSL 512.63□□□□□ -0.393e-10■■■■■ 27.8
YBX3P16989 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.862e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.532e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.152e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 AP2M1-207ENST00000439647 1950 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 AP2M1-222ENST00000621863 1305 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.56□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 27.8
YBX3P16989 SRSF9-203ENST00000548326 1704 nt8.85□□□□□ -0.991e-18■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-206ENST00000538646 1649 ntTSL 1 (best)25.54■■□□□ 1.685e-7■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-209ENST00000541924 1594 ntTSL 1 (best)23.91■■□□□ 1.425e-7■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-205ENST00000538626 582 ntTSL 1 (best)23.88■■□□□ 1.415e-7■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-213ENST00000544574 725 ntTSL 1 (best)23.88■■□□□ 1.415e-7■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.815e-7■■■■■ 27.7
YBX3P16989 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.775e-7■■■■■ 27.7
Retrieved 100 of 29,075 protein–RNA pairs in 87.7 ms