Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCNAP12004 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCNAP12004 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCNAP12004 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCNAP12004 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCNAP12004 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCNAP12004 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCNAP12004 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCNAP12004 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCNAP12004 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCNAP12004 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCNAP12004 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
PCNAP12004 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCNAP12004 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCNAP12004 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCNAP12004 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCNAP12004 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCNAP12004 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCNAP12004 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCNAP12004 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
PCNAP12004 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCNAP12004 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCNAP12004 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
PCNAP12004 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCNAP12004 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCNAP12004 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCNAP12004 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCNAP12004 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCNAP12004 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
PCNAP12004 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCNAP12004 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCNAP12004 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCNAP12004 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCNAP12004 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCNAP12004 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCNAP12004 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCNAP12004 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCNAP12004 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCNAP12004 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCNAP12004 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCNAP12004 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCNAP12004 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
PCNAP12004 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
PCNAP12004 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCNAP12004 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCNAP12004 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCNAP12004 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCNAP12004 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCNAP12004 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCNAP12004 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCNAP12004 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCNAP12004 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
PCNAP12004 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCNAP12004 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCNAP12004 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCNAP12004 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCNAP12004 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCNAP12004 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCNAP12004 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCNAP12004 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCNAP12004 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCNAP12004 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
PCNAP12004 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCNAP12004 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCNAP12004 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCNAP12004 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCNAP12004 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCNAP12004 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCNAP12004 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms