Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP4AQ9BY43 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms