Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC3Q9BQI4 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms