Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP53Q70EK8 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms