Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
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