Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CUX1P39880 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CUX1P39880 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CUX1P39880 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CUX1P39880 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CUX1P39880 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CUX1P39880 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CUX1P39880 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CUX1P39880 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
CUX1P39880 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CUX1P39880 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms