Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMA1Q9UHB6 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms