Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms