Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC42Q96M95 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.9 ms