Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC54Q8NEL0 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms