Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NPHP3Q7Z494 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms