Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP39Q53GS9 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP39Q53GS9 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms