Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
SCN1BQ07699 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms