Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms