Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SPTA1P02549 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SPTA1P02549 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms