Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms