Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
DDX28Q9NUL7 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms