Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
USP4Q13107 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
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