Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL18A1P39060 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL18A1P39060 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms