Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BRPF3Q9ULD4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BRPF3Q9ULD4 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms