Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms