Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCIF1Q9H4Z3 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms