Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC112Q8NEF3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms