Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
ZNF540Q8NDQ6 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms