Protein–RNA interactions for Protein: Q13838

DDX39B, Spliceosome RNA helicase DDX39B, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 428 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX39BQ13838 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
DDX39BQ13838 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
DDX39BQ13838 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms