Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.48
TCOF1Q13428 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC30.45■■■□□ 2.47
TCOF1Q13428 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
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