Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms