Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
KLHL28Q9NXS3 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
KLHL28Q9NXS3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms