Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms