Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP53Q70EK8 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms