Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXA4Q00056 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms