Protein–RNA interactions for Protein: P31277

HOXD11, Homeobox protein Hox-D11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 338 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD11P31277 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 SUSD3-201ENST00000375469 1114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 RLN2-201ENST00000381627 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AL365338.1-201ENST00000422282 858 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 FAM204CP-201ENST00000424489 642 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC007066.2-202ENST00000566531 914 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 AC104984.3-201ENST00000581946 546 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD11P31277 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 OR6K3-202ENST00000368146 996 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 C4orf47-201ENST00000378850 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RFESDP1-201ENST00000422350 461 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 ATP6AP2-202ENST00000423649 1093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 LINC01861-201ENST00000509568 537 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CD24P2-201ENST00000565486 219 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC103808.1-201ENST00000579833 922 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 HEXB-205ENST00000509579 806 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 RNU6-467P-201ENST00000517027 110 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AP001266.1-201ENST00000531155 1044 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC048382.1-201ENST00000542197 1018 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 FAM192A-206ENST00000564108 1055 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AP001505.1-201ENST00000569966 824 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC005736.2-201ENST00000571302 774 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC087683.2-201ENST00000611384 326 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CSTF3-203ENST00000438862 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 CD44-AS1-201ENST00000528869 587 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD11P31277 TIMM9-203ENST00000555061 598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms