Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms