Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
MSX1P28360 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
MSX1P28360 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
MSX1P28360 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
MSX1P28360 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms