Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIG1P18858 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG1P18858 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG1P18858 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG1P18858 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIG1P18858 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIG1P18858 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms