Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMA1Q9UHB6 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms