Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms